Banyak kesilapan teknikal dilaporkan sepanjang temasya,[75][76][77] bersama dengan beberapa isu lain di bawah:[78][79][80]

• Jurulatih atlet negara Filipina, Sean Guevara marah dengan penjadualan program olahraga kerana para atlet mereka akan bersaing dalam acara yang sama pada hari yang sama dalam tempoh 30 minit dalam pemanasan dan hanya satu jam selain dalam 100m dan 400m yang menyebabkan Persatuan Sukan Trek dan Padang Filipina (PATAFA) meminta perubahan atau penyelarasan kepada jadual bagi 400m halangan lelaki dan 100m, tetapi jawatankuasa penganjur Malaysia tidak mengambil tindakan apabila setiausaha agung Majlis Olimpik Malaysia (MOM) Low Beng Choo menjelaskan beliau menyedari bahawa rayuan Jawatankuasa Olimpik Filipina (POC) untuk jadual itu akan berubah tetapi Delegasi Teknikal Sukan Malaysia menolak permintaan itu.[81]
• Kegagalan Malaysia untuk menyiarkan beberapa perlawanan langsung mengenai acara bola sepak juga dikritik, dengan seorang penyokong bola sepak dari Myanmar berkata: "Saya terkejut mengetahui bahawa Malaysia, yang jauh lebih kaya daripada Myanmar, gagal menguruskan liputan langsung beberapa peristiwa popular dan kejohanan. Saya meminta ini bagi pihak semua negara ASEAN yang lain, bukan hanya untuk Myanmar ".[82]
• Kejadian tuan rumah pemandu bas Malaysia membawa pulang pasukan bola sepak kebangsaan Myanmar ditangkap kerana kecurian juga kerana tidak mempunyai lesen memandu, menyebabkan kelewatan pemain dan pegawai untuk sampai ke hotel mereka.[83][84]
• Kegagalan Jawatankuasa Penyelenggaraan Sukan SEA Malaysia (MASOC) memasang sepenuhnya "cabaran video" atau sistem "ikan gelap" untuk perlawanan sepak takraw yang boleh digunakan oleh pasukan untuk mencabar panggilan yang dibuat oleh pengadil atau pengadil semasa pertarungan atau pertandingan dikritik oleh persatuan sepak takraw nasional itu sendiri kerana semua pasukan sepak takraw ASEAN telah diberitahu dan mengharapkan teknologi itu digunakan dalam pertandingan itu.[85]
• Jurulatih pasukan bola sepak di bawah 22 negara, Richard Tardy, mengkritik penganjur untuk memaklumkan kepadanya mengenai sidang akhbar yang diadakan pada 13 Ogos hanya 30 minit sebelum jam 11:30 pagi yang dijadualkan, menyebabkan dia terlambat. Jurulatih pasukan bola sepak kebangsaan bawah 22 negara, Worrawoot Srimaka juga gagal muncul apabila dia dimaklumkan mengenai persidangan itu selepas menjalani semula latihan latihan pasukannya.[86]
• Kesilapan cetakan bendera Indonesia dalam keadaan terbalik di buku cenderamata Sukan SEA ke-29 Kuala Lumpur telah menimbulkan kecaman daripada warga siber Indonesia.[87] Lantaran kejadian tersebut, Presiden Indonesia, Joko Widodo, menantikan permohonan maaf rasmi daripada Malaysia. Beliau juga menasihati rakyat Indonesia agar tidak membesar-besarkan isu berkenaan.[88] Menteri Belia dan Sukan Malaysia, Khairy Jamaluddin, telah menemui Menteri Pemuda dan Olahraga Indonesia, Imam Nahrawi, untuk "menjelaskan kesilapan yang dikesali dan menyampaikan permintaan maaf bagi pihak MASOC (Jawatankuasa Pengelola Malaysia)".[89] Walaupun setelah memohon maaf secara rasmi, beberapa laman web Malaysia telah digodam oleh sekumpulan penggodam Indonesia yang menggelar diri mereka sebagai ExtremeCrew. Antaranya termasuklah laman web Sekolah Seri Puteri (seriputeri.edu.my) dan innercircle.my.[90]
• Pada 20 Ogos, pasukan sepak takraw wanita Indonesia keluar dari tempat itu untuk membantah panggilan oleh pengadil. Berikutan pertembungan perlawanan dari pasukan Indonesia, pasukan Malaysia diberikan skor 2-0 oleh pengadil.[91] Kemudian, media Malaysia mendakwa Indonesia telah mengakui bahawa ia adalah kesilapan untuk meninggalkan perlawanan.[92] Walau bagaimanapun, kenyataan ini ditolak oleh pegawai Indonesia.[93]
• Kemalangan yang melibatkan dua bas yang membawa pasukan skuasy Myanmar, Filipina dan Thailand berlaku pada 21 Ogos ketika seorang penunggang motosikal melarikan diri di hadapan salah satu bas memaksanya untuk brek secara tiba-tiba dan menyebabkan bas berikut jatuh dari belakang dengan beberapa penumpang yang mengalami kecederaan ringan. Berikutan kejadian itu, semua perlawanan skuasy telah digantung buat sementara sementara menunggu pelepasan perubatan dengan semua atlet dibawa ke Stadium Nasional Bukit Jalil oleh bas gantian.[94][95]